Protéomique

La spectrométrie permet de :

• quantifier une protéine.
• inventaire des protéines présentes.

Identification d'une protéine$

Une disgestion avec la trypsine permet d'obtenir des peptides entre 7 et 20aa.

L'identification d'une protéine nécessite au moins 2 peptides.

Les homologies de séquences entre les protéines sont fréquentes. Environ 70 % des protéines dans un génome donné appartiennent à des familles de protéines et partage des homologie avec d'autres. Cela est du principalement à :

• exons conservés et peuvent être combinés différemment par recombinaison génétique ou évolution (modularité).
• des régions du génome qui ont été dupliquées et qui ont évoluées indépendamment.

Exemples

Identification de

Protéine identifier grâce aux anticorps

1. Fixation de la protéine d'intérêt en condition qui favorise les interactions avec les protéines associés.
2. Détachement et analyse protéines associées.

Un groupe (pool) sélectionne les protéines d'intérêt par leur interaction avec

Les principaux problèmes de l'analyse protéique sont que :

• Le nombre de type de protéines différents.
• La grande variabilité dans les volumes entre les protéines. Leur quantité peut variée de l'ordre de \(10^6\).

• Les interactions avec les autres molécules :

  • Les modifications post traductionnelles.
  • Les autres protéines notamment dans le cadre de la formation de complexes protéiques.

Note

Il peut être également intéressant de connaître la localisation des protéines et leur conformation.

1. Fragmentation et purification.

Définir la question pour adapter le protocole technique (le choix de la chromatographie illustre particulièrement ce fait). Grâce aux différences de propriétés chimique