Aligner des séquences

Assembler des séquences

L'objectif est de reconstituer une séquence à partir de morceaux car la majorité des techniques de séquençage fonctionne par la découpe de polymères et leur analyse en petits fragments. Les principales difficultés sont :

• Les erreurs de lecture que ne permettent pas trouver un alignement exact.
• La répétition de certaines séquences répétées qui peuvent être alignées à plusieurs endroits.
• Dans le cas d'un grand nombre de séquences, l'alignement est trop lent.

\(C = \frac{N \cdot L}{G}\)

• \(N\) nombre de fragments.
• \(G\) taille totale.
• \(L\) taille des fragments

Les paramètres important dans le séquençage sont :

• La taille des fragments.
• Le taux et le type d'erreurs.