domaine de liaison ADN protéines

Domaines de liaisons ADN protéines

Trois types de domaines de liaison entre l'ADN et les protéines :

• Doigt de zinc.
• Hélicoïdale (la protéine est hélice - boucle - hélice).
• feuillet \(\beta\) x2 antiparallèles.

La liaison a lieu au niveau des grands sillions et le domaine d'intéraction est composé essentiellement d'aa chargé positif et d'arginine 40 à 80aa en dimère.

Doigt de zinc

• motif d'une trentaine de résidus.
• enzyme chélatrice (capte un atome de \(Zn^{+2}\) dans une structure en forme de pince composé de deux histidines et de deux cystéines).

Hélicoïdale

• Hélice boucle hélice
• Basique hélicoïdale

Motif leucine zipper

Dimère formé par deux hélices qui interagissent au niveau d'une zone riche en leucine (hydrophobe).

Types d'intéractions

LEs deux types d'interaction :

Spécifique localisation au niveau des chaines latérales et avec les bases de l'ADN. Il est possible que l'interaction passe par l'intermédiaire d'une molécule d'eau. Le reste est considéré comme non spécifique (exemple, liaison peptidique, ribose, phosphate).

Méthode :

1. Déterminer le type d'interaction.