Graphiques

ggplot 2

aes() dans la fonction geom ou à l'extérieur.

ggstatsplot

Une variable

g = ggplot() + theme_minimal() + aes(x)

Note

Il y a la possibilité de sélectionner une colonne avec son nom en caractère aes_string(x = "col") ou !!sym("col1").

Faire des groupes (dans aes) :

• fill = var remplissage.
• color = var contour.

• group = var tracer séparement en fonction d'une variable sur le même graphique.

• geom_histogram(<option>, binwidth = 5) histogramme. Option :

  • position = "fill" empiler les éléments avec une hauteur normalisée.

• geom_bar(<option>) diagramme en barre. Option :

  • position = "dodge" positionner les éléments les uns à coté des autres aes(..., fill = var).
  • aes(var), position = "fill" empiler les éléments avec une hauteur normalisée.
  • aes(var), position = "stack" empiler les éléments.
  • stat = 'identity' pour afficher deux varibles.

Note

x = reorder(id_chaine, nb_couple), y = nb_couple permet de trier les résultats.

• geom_density() répartition, densité, distribution.

Présentation :

• coord_flip() transformer en diagramme en barre horizontal.
• alpha = 0.4 transparence du remplissage.

Deux variables

g = ggplot() + aes(x,y)

Type de graphique :

• geom_boxplot() boxplots (x=name, y=value).

• geom_line(<option>) courbe. Paramètres :

  • aes(group = var) une courbe pour chaque modalité de var.
  • stat = 'count' avec une seule variable.
  • geom_col() diagramme en barre avec la valeur des y. Pour classer les labels, il faut reorder(label, valeur) dans le aes().
  • lty = type type de ligne (dashed pointillé; dotdash point pointillé, ).
  • lwd = épaisseur épaisseur.
  • linetype = type de lignes.

• geom_area() coubre pleine.

• geom_point(<option>) nuage de points. Option :

  • aes(colour = var) colorier les points en fonction de var.
  • aes(size = var) dimensionner les points en fonction de var.
  • shape = forme des points.

id	Forme
15	carré plein
21	cercle entrouré
18	losange plein

Libellés :

• geom_text_repel(aes(x,y), label = var) ajouter des étiquettes de données (library ggrepel).
• geom_label_repel(aes(x,y), label = var) ajouter des étiquettes de données avec fond (library ggrepel).

Autre

• geom_polygon(aes(x = long, y = lat, group = group)) tracer des polygones identifiés par un groupe (notamment pour les cartes). Option :

  • fill = var remplir les zones.

• geom_hline(yintercept = valeur) ligne hotizontale.

• geom_vline(xintercept = valeur) ligne verticale.

• geom_abline(intercept = 0, slope = 1) droites et fonctions linéaires. Paramètres :

  • color = "#F8766D" couleur.
  • linetype = "dashed"type de lignes.

• geom_segment(aes(x = , xend = , y = , yend = ), arrow = arrow(length = unit(0.03, "npc"))) ajoute des flèches ou des segments.

Colorer des zones :

• Deux possibilités pour faire des rectangles :

  • geom_tile(x, y, width, <height>) avec x et y les milieux de chaque rectangle.

  • geom_rect(xmin, xmax, ymin, ymax)

  Formatage des axes

• scale_y_continuous(trans="log") modifier le type d'axe (par exemple, logarithmique). Paramètres :

  • breaks=c(0,1,2,5) préciser les valeurs des axes.

• scale_y_units(trans = type_axe) paramètre des axes pour les variables avec une unité. Paramètres :

  • unit = "m" ajouter une unité à un axe.

Pour changer le type d'axes plus précisiément, il existe library(scales).

• pseudo_log_trans() log trans est équivalent à la fonction log mais qui en plus permet d'afficher 0.

Thème

• theme_void() thème sans axe et graduation.
• theme_minimal() thème épuré.

• theme()modifier les propriétés du thème du graphique.

  • legend.title = element_text(text = "titre") renommer le titre de la légende.
  • legend.position = c(.9, .9) modifier la position de la légende (ici en haut à droite) ou "left", "top".
  • legend.box.background = element_rect(colour = "black") contour de la légende.

  Présentation

• ggtitle("titre") titre du graphique.

• xlab("titre") titre de l’abscisse.
• ylab("titre") titre de l’ordonnée.
• xlim(min, max) taille de l'abscisse.
• ylim(min, max) taille de l'ordonnée.
• scale_x_log10() échelle logarithmique.
• coord_equal(ratio = 1) garder un ratio abscisse/ordonnée.
• labs(color = titre, fille = titre) changer le titre de la légende (color ou filled dépendent dû type de coloration).
• scale_color_discrete(labels = c("label 1", "label 2")) modifier les valeurs des modalités de la légende (même chose avec filled).

Créer des graphiques en fonction d’une variable

• facet_grid(.~variable) sur une ligne.
• facet_grid(variable~.) sur une colonne.
• facet_wrap( ~variable) en ligne et en colonne.

Autres

• ggsave(plot=p, file="nom.extension") exporter le graphique.
• ggplotly(graph) rendre le graphique interactif (package plotly).

Afficher une fonction

fonc = function(x, a){a * x**2}
p <- ggplot(data = data.frame(x = 0), mapping = aes(x = x))
p + stat_function(fun = fonc, args = list(a = 3)) + xlim(-5,5)

Les couleurs à ajouté

Couleurs personnalisées

• scale_colour_manual(couleurs) changer la couleur.
• scale_fill_manual(couleurs) changer la couleur.
• colorRampPalette(c("red", "green"))(n) générer un vecteur de n couleurs entre deux couleurs.

Palette prête

library : RColorBrewer

• display.brewer.all() afficher les palettes disponibles.

• graph + scale_color_brewer(palette = "Dark2")

• scale_fill_brewer(palette)

Graphique avec plotly

Package : `plotly``

%>% pour ajouter des options.

• plot_ly(data, labels = ~categorie, values = ~valeur)

Note

Il est possible de transformer un graphique ggplot en plotly avec ggplotly(graph);

Supprimer la légende

layout(title = 'Répartition des espèces évaluées',
         xaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE),
         yaxis = list(showgrid = FALSE, zeroline = FALSE, showticklabels = FALSE))

• add_pie(hole = 0.6) donuts et camembert.

Séries temporelles

library(dygraphs) pour des graphiques temporels.

Matrice colorée

Library corrplot

• corrplot(matrice, method = "color") matrice de corrélation.

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Graphiques rapides

• plot(var1, <var2>) graphique rapide.

  • type = 'h'

    • h histogramme.
    • l courbe.
    • p points
    • b points et lignes.
    • c points vides et lignes.
    • o for overplotted points and lines
    • s escalier.

  • log = "y" utiliser une échelle logarithmique.

  • labels = etiquette etiquette.

• boxplot(var) boxplot.

• barplot() diagramme en barre.

Paramètres :

• main = titre titre.
• sub = sous_titre sous titre.

• col = couleur.

• heatmap(data) heatmap.

Ajouter des éléments

• abline(v = vertical, h=horizontal, a =, b =) ajouter une droite.
• points(coordonée, pch = 16) ajouter un point (pch=16 rond plein).

Tracer une fonction

Afficher une fonction en 2D

• curve(fonction, from = -5, to = 10) afficher une fonction en 2D.

Afficher une fonction en 3D

z = outer(x, y, fonction)
graphique

• contour(x, y, z, nlev = 10) courbes de niveau.
• persp(x, y, z, shade = 0.8, axes = T, ticktype = "detailed") fonction en 3D.