Blast

Fichiers fasta

library(seqinr)

• read.fasta(file = fichier) lire un fichier fasta ou fastaq.

BLAST

library(rBLAST)

1. Générer la base pour le blast.

2. Faire un prédict pour blaster les séquences.

3. readDNAStringSet(fic_seq, format='fasta') importer un fichier fasta.

BLAST

1. makeblastdb(fichier, dbtype = "nucl") créer les fichiers pour créer une bdd blast (génére les fichiers pour. seq_res <- readDNAStringSet(fic_seq, format='fasta')
2. db <- blast(fic_ref) déclarer la bdd blast.
3. predict(db, seq_res) blaster les séquences.