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Rapport

Rmarkdown

Option pour {R} :

  • echo=FALSE masquer le code.
  • include = FALSE masquer les graphiques et le code.
  • message = FALSE masquer les résultats du code.

Les tableaux

knitr - markdown

library(knitr)

  • knitr::kable(data) afficher un tableau en markdown. Paramètres :

    • caption="Example dosing data extracted from theophylline data set" ajouter un titre.

Flextable - image

library(flextable) Exporter des tableaux et les dataframes dans des rapports hmtl et word.

  • flextable(dt) afficher un tableau comme une image.

  • as_flextable(list) convertir un data.

  • merge_v(j="Subject_Group") fusionner les modalités identiques.

  • theme_box() ajouter des lignes.

  • bg(j = "colonne", i = ~abs(prc_diff) < 0.5, part = "body", bg = "#AFDC8F") colorer des le fond de cellules :

    • part = "body"/"header" choisir la partie a modifier.

  • set_header_labels(values = list(Sepal.Length = "Sepal length")) modifier le nom affiché.

  • save_as_html("table1" = flextable, path = "file.html") exporter le rapport.

gt

libary(gt)

gtsummary permet de ganger du temps dans certaines mise en forme.

Comparaison des différents packages pour le faire des tableaux https://hughjonesd.github.io/huxtable/design-principles.html par le créateur de huxtable.

gtExtras pour ajouter des graphiques ou des images dans le tableau.

Markdown

library(litedown)

renderMarkdown(markdown::mark()) markdownToHTML mark_html().