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Développer

Tester une fonction

library(testthat)

  • expect_equal()

Exécuter le code uniquement si le script est appelé directement

  • interactive() renvoie TRUE si le script est exécuter directement (par opposition à un appel).

Golem

library(golem)

La philosophie de Golem est de créer et d'organiser un programme sous la forme d'un package en appelant des fonctions : Golem est un package qui structure et gère le développement de package R.

Méthodes alternatives pour appeler un module en lui fournissant un paramètre : callModule(mod_bars_echarts_server, "bars_echarts_ui_1") (obsolète ?).

Ressources :

Déclarer les modules

Les modules doivent être déclarés dans golem::add_module(name = "example") permet de créer trois fichiers :

  • R/mod_example.R avec deux fonctions mod_example_ui et mod_example_server.

Trois scripts le dossier

  1. 01_start.R renseigner les informations sur le projet.
  2. 02_dev.R pour ajouter un module, faire les tests.
  3. 03_deploy.R déployer l'application.
  4. run_dev.R permet de lancer l'applicatin shiny. Il faut exécuter le script complet.

02_dev.R

  • @import package dans le module et usethis::use_package("library") ajouter des dépendances.
  • golem::add_module(name = "example", param1 = val1, param2 = val2) créer un module càd le fichier qui correspond au module dans le dossier R.
  • browser_button() ajouter un bouton pour debbug (a voir).
  • add_fct("helpers", with_test = TRUE) ajouter une fonction.

app_ui.R

golem_add_external_ressources() ajouter des fichiers extérieurs.

Les fichiers extéiruers sont créer dans inst/app/www

add_js_file("nom") créer un script js.

03_deploy

Instruction avec le déployement.

run_dev.R

Documentation

library(pkgdown)

  • usethis::use_pkgdown().
  • pkgdown::build_site() générer la documentation dans le dossier docs.

Permet de créer :

  • un fichier New qui contient les nouveautés des versions.
  • des articles. Les articles sont écris en markdown et convertis automatiquement en html.

devtools_history.R

  1. check pour vérifier détermine s'il y a d'erreurs et dans warning dans le package.
  2. Build Source Packagepour générer un tar.

  3. Install pour ajouter ou maj du package COMPILE dans son environnement.

  4. @param x description liste des paramètres

  5. @import magrittr importer un package (une library par ligne).
  6. @importFrom package fonction importer une fonction.
  7. @export permet à la fonction d'être disponible en dehors du package.

Flemme de l'ajouter correctement

install.packages("devtools") install.packages("roxygen2")

Fichier :

  • NAMESPACE décrit les exports.
  • DESCRIPTION contient une description du package, les dépendances et les métadonnées (nom, version, auteurs).

browser() mettre une pause à l'exécution.

Tableau des nomenclatures pour les variables :

Préfixe Suffixe
fct_ fonction
var_ variable (une valeur)
vrai_ booléen
df_ dataframe
dt_ données non définies
dic_ dictionnaire
list_ liste
  • db_ database optimiser pour un accès efficace au données.
  • dwh_ data warehouse ou entrepôt de données décisionnel. agrégation de données de différentes sources. Utiliser pour l'analyse et l'aide à la décision. données historisés.

  • dm_ data marts sous-ensemble spécialisé d'un data warehouse.

  • df_ dataframe (existe aussi dt_ datatable).

Modèle de données d'analyse (OLAP) :

  • tf_ table de faits
  • td_ table de dimensions.

Note

Il est conseillé d'utiliser les data.table à la place des dataframe pour manipuler des tableaux volumineux.

_id identifiant.

_agg ("aggregate") table d'agrégation. _ind individuel.

Indicateurs :

_metrics_ mesure quantifiable pour évaluer la performance, le qualité ou l'avancement. _parameters_ parameters caractéristique ou condition d'un système.

Utiliser le singulier.

Excel permt de générer des modèles de données.

Dans le cas de PKexpress, les fichiers avec les données de concentration mesurés contient Base de données d'analyse Les données ne sont pas modifiées

  • tf_ table de fait, table qui contient les indicateurs et les données mesurables sur les faits et les événements.
  • td_ table De dimensions, table qui contient les informations qui décrivent l'enregistrement de la table de fait. Elle sert notamment à filtrer les données de la table de fait.

Créer un programme R indépendant

  1. Télécharger une version R portable.
  2. Installer les library dans le dossier R portable : .libPaths("R-Portable/App/R-Portable/library")
  3. Créer un fichier exécutable Windows run.bat.
SET ROPTS=--no-save --no-environ --no-init-file --no-restore --no-Rconsole
R-Portable\App\R-Portable\bin\Rscript.exe %ROPTS% script.R