Aller au contenu

R

Package

  • install.packages("package") installer un package.
  • library(package) importer un package.
  • if(!require("tidyverse")) install.packages("tidyverse") installer un package uniquement s'il n'est pas installé.
  • update.packages(ask=F) màj de tous les packages.

Meilleurs packages R

  • rmarkdown R markdown.

  • tidyverse intègre les packages les plus populaires pour la science de la donnée.

    • dplyr et tidyr manipuler les données.
    • forecasts convertir en date.
    • golemn créer un package et sa documentation de façon automatisée.

  • testthat tester.

Paramétrage et utiles

  • options(digits=9) changer le nombre de décimales affichées.
  • system.time({instruction}) temps d'exécution d'une instruction.

Fichier

  • r"(dossier1\dossier 2\)" déclarer un chemin.
  • file <- tempfile(fileext = ".png") créer un fichier tempoaire.
  • basename("C:/some_dir/a.ext") renvoyer le nom du fichier.
  • dirname("C:/some_dir/a.ext") renvoyer le dossier.
  • dir.create(dossier) créer un dossier.
  • unlink(chemin_dossier, recursive = TRUE) supprimer un dossier et ses fichiers.
  • list.files() lister les fichiers et les répertoires.
  • list.dirs() lister les dossiers.
  • file.exists(fichier) tester l'existence d'un fichier.
  • setdiff(list.files(), list.dirs(recursive = FALSE, full.names = FALSE)) lister uniquement les fichiers.
  • setwd(dossier) changer le dossier de travail.
  • getwd() renvoyer le chemin du dossier de tavail.
  • source(fichier) exécuter un script.
  • tools::file_ext(chemin_fichier) renvoyer l'extension du fichier.
  • file.copy(from = fichier_source, to = fichier_destination) copier un fichier.

rlist::list.remove(db_03_study_group[[id_group]], 'df_pk') supprimer l'élément d'une lsite.

RData

  • save(obj1, obj2, file = "mes_objets.RData") sauvegarder en RData.
  • load("fichier.RData") charger un RData.
  • read.delim(file = ou text = , header = F, sep = ) charger un fichier ou du texte.

Note

Il est possible de déclarer un df sur plusieurs lignes dans un sccript et d'importer les données avec read.delim(text = var_data, header = F, sep = ).

Excel

Pour manipuler les fichiers excel, il est préférable d'utiliser library(openxlsx) qui est la bibliothèque la plus complète.

  • loadWorkbook(fichier) charger un classeur excel.
  • readWorkbook(wb ou , sheet = "Supplies") lire une feuille excel.
  • wb <- createWorkbook() créer un classeur.

  • saveWorkbook(wb, "file.xlsx") enregistrer un classeur. Paramètres :

    • overwrite = TRUE écraser la version existente.

  • addWorksheet(wb = wb, sheetName = "feuill") ajouter une feuille.

  • getSheetNames(wb ou fichier) nom des feuilles.
  • writeDataTable(wb = wb, sheet = "feuill", x = df, tableName = "PK_recap") déclarer un tableau.

  • writeData(wb = wb, sheet = "feuill", x = df) écrire un dataframe. Paramètres :

    • headerStyle = headerStyle style des entêtes (voir style).
    • borders = "n" .
    • xy = c(colonne,ligne) ou startCol = nb et colNames = nb début où commencer à remplir.

  • Insérer un graphique :

print(p1)
insertPlot(wb, sheet, largeur, hauteur)` insérer un graphique.

Note

Avec Shiny, il faut créer le workbook dans la partie server : wb <<- createWorkbook().

Style

  • createStyle() créer un style.

    • fontColour = "#006100" couleur de la police.
    • fg = "#C6EFCE" couleur du fond.
    • textDecoration = "Bold" gras.
    • halign/valign = "center" position des éléments.
    • gridExpand = T a ajouter pour les borders.
    • stack = T fusionner les propriétés des cellules.

  • addStyle(wb, sheet, style, rows, cols, gridExpand = FALSE, stack = FALSE) ajouter un style à une cellule.

Formater le classeur

  • mergeCells(wb, "feuill", cols = 1, rows = 2:9) fusionner les cellules.
  • setColWidths(wb = wb, sheet = "feuil", cols = 1:4, widths = "auto", ignoreMergedCells = T) largeur des colonnes.

Json

library(jsonlite)

  • toJSON(liste) convertir une liste en Json.
  • writeLines(json_data, "REACDATA_t.json") créer un fichier en Json (attention, il faut le convertir avant).
  • fromJSON("REACDATA_t.json") importer un Json.

Image

library(jpeg) et library(png)

  • readJPEG(image.jpeg) image JPEG.
  • readPNG(image.png) image PNG.

Fonction de base

  • print("Hello") afficher un message.
  • cat("Hello\n") afficher un message sans retour à ligne. Pour un retour à la ligne \n et pour remplacer le texte précédent \r.
  • dput(variable) afficher la variable à déclarer en code R.
  • suppressWarnings(code) supprimer les warnings.
  • suppressMessages(code) supprimer les messages.
  • Sys.sleep(seconde) attendre un certain nombre de secondes avant la suite de l'exécution.
  • methods(class = "units") lister les méthodes associées à un objet.
  • tail(x, n = 6) renvoie les n derniers éléments d'un objet.

Environnement

  • rm (list = ls()) supprimer les variables de l'environnement.

Variables

Déclarer des variables :

  • var <- valeur ou var = valeur déclarer une variable ou modifier la valeur.

  • var <<- valeur forcer l'association (utile pour modifier une variable dans la fonction).

  • typeof(var) renvoyer le type de variable.

  • exists("variable") tester l'existence d'une variable.
  • missing('variable') vérifier si l'arguement existe.
  • deparse(var) afficher la valeur en format texte.

Attribut

Note

Les attributs sont les métadonnées associées à un objet.

  • attr(iris, "perso") <- valeur ajouter un attribut à objet.
  • attributes(dt_conc) renvoyer les attribue d'un objet.

Vecteur

  • c(2, 4, 6) déclarer un vecteur.
  • 2:6 créer une séquence de 2 à 6 inclus.
  • seq(2, 3, by = 0.5) créer une séquence de 2 à 3.

  • rep(1:2, times = 3/each = 3) repéter la valeur soit en alterné (1,2,1,2) ou à la suite (1,1,2,2).

  • df[nligne][ncol] sélectionner une cellule.

  • df$colonne sélectionner une colonne.
  • df[ligne, colonne] sélectionner une ligne, une colonne ou une cellule (laisser vide pour garder tous les champs).

Manipuler les vecteurs

  • discard(x, is.na) supprimer les valeurs NA (aussi na.omit(x) mais renovie une list).
  • sort(x) ordonner.
  • rev(x) renver l'ordre.
  • order(x) renvoie l'index de trie.
  • rle(x) liste avec le nombre d'occurences successives.
  • table(x) tableau d'effectifs et de contingence.
  • add_margins(table) ajouter des totaux au tableaux.
  • unique(x) valeurs uniques.
  • c(vec1, vec2) concaténer deux vecteurs.

  • paste(vec1, vec2, sep = " ") fusionner (concater) deux chaines.

    • collapse = "separateur concaténer les éléments de deux listes.

  • length(vec) taille du vecteur.

  • factor(liste, levels = c("niv1, "niv2")) créer une liste ordonée.
  • setdiff(vec1, vec2) element du vecteur 1 non présent dans vec2.
  • intersect(vec1, vec2) intersection de deux vecteurs.
  • ave(df$valeurs, df$col1, FUN = cumsum) calculer une somme cumulée.
  • setNames(c(10, 20, 30), c("Element1", "Element2", "Element3")) ou c(nom1 = val1, nom2 = val2) nommer les valeurs.
  • unname(vec) supprimer le nom d'un vecteur.
  • Filter(function(x){!is.na(x)}, row_unit) filtrer un vecteur ou une liste.
  • startsWith(vcteur, "debut") renvoie un boolen si les éléments commencent par.

Liste

list(
  nom1 = c(1,2),
  nom2 = "texte"
)
  • x['data'] récupérer les valeurs et le libellé.
  • x[['data']] ou x$data recupérer uniquement les valeurs d'un élément de la liste.
  • lengths(liste) nombre d'éléments dans une liste.
  • is.na(list()) si la liste est vide alors renvoie logical(0).

Purr

  • map() %>% list_cbind() renvoie un dataframe en colonne (dfr en ligne) list_rbind().
  • map_chr(Value, fonction) renvoie du texte.
  • map_if(condition) appliquer que si l'élément répond à une condition.
  • map_at(position) appliquer en fonction de la position.
  • imap(liste, function(x, id) renvoie la valeur et l'id (nom de colonnes) de chaque élément.
  • transpose(liste) inverse les niveaux d'une liste : list(1 = list(A = val)) -> list(A = list(1 = val))
  • flatten() supprimer les niveaux d'une liste.

Existe : map2_, map_ ...

  • map(liste, function(x){x}) parcourir chaque propriété de la liste.
  • walk(liste, function(x){x}) pareil que map mais ne renvoie rien.
  • pmap(function(col1, col2)) itérer un dataframe par ligne.

Warning

Pour le pmap les paramètres de la fonction doivent avoir le même nom que les colonnes.

Note

Pour parcour les colonnes d'un df, il faut utiliser imap.

  • keep(ma_liste, ~ startsWith(names(.)[1], "a")) garder les éléments d'une liste qui respectent la condition.
  • discard(ma_liste, ~ names(.)[1] == "b") supprimer les éléments d'une liste qui respectent la condition.

Apply

Apply permet d'appliquer une fonction à chaque élément.

  • sapply(vecteur, fonction) appliquer une fonction à tous les éléments d'un vecteur.
  • apply(dt, axis = 1/2, fonction) appliquer une fonction à tous les éléments en ligne/colonne.
  • tapply(tb_grp_kinetic, 1, function(x){colnames(x)}) appliquer une fonction colonne d'un dataframe.

Note

La fonction peut être déclarée comme function(x){x}.

Matrice

  • matrix(vecteur, nrow = , ncol =) transformer en matrice.

  • class.ind(vec) créer une marice binaire à partir d'un vecteur avec les numéro des colonnes.

  • det(A) déterminant.

  • dim(A) dimension.
  • t(A) transposer.
  • solve(A) inverser une matrice.
  • A %*% B mutiplication de matrices.
  • eigen(matrice) valeurs propres (noyau).

  • dist(matrice, method = "euclidean") calculer la matrice des distances. Type de distance :

  • manhattan.

  • maximum.

  • scale(matrice) centrer et réduire une matrice par colonne.

  • list.remove(list, 'nom') supprimer un élément d'une liste library("rlist")`.

Mathématique

  • signif(x, 2) choirisr le nombre de chiffres significatifs.
  • %/% division entière.
  • %% modulo.
  • ceiling(1.1) arrondi à l'entier supérieur.
  • floor() arrondi à l'entier inférieur.

Fonction

nomFonction <- function(x){
  instruction
}
  • formals(build_pk) renvoie les paramètres d'une fonction.
  • as.list(environment())

Erreur

  • try(log("ABC"), TRUE) masque le message si une erreur se produit :
    • silent = F ne pas afficher de message d'erreur.
  • tryCatch(log("ABC"), error = function(e) {print("error")}) afficher un message quand la fonction produit une erreur.

Condition

if (test_expression1) {
  instruction
} else if (test_expression2) {
  instruction
} else {
  instruction
}
  • if(condition) do (instruction) ou if(condition) instruction.

  • switch(variable, val1 = sortie1, val2 = sortie2) case when pour les égalités.

  • assign(nom, valeur) créer des variables avec une boucle.

  • get(nom) appeler une variable.
  • grepl(symbole, variable) tester si le symbole est contenu dans la variable.
  • all(vec_bool, na.rm = F) vérifier que tous les éléments sont vrais.
  • any(vec_bool, na.rm = F) vérifier qu'au moins un des éléments est vrai.
Opérateur Définition
== égalité
identical(val1, val2) égalité pratique pour logical(0)
%in% appartient
! négation
## Boucle

Note

cat permet de faire suivre le % d'une boucle cat("\rÉtape", num_script, "/", for_nb_scripts, '-', script).

For

for(i in 1:nrow(g)){
    instruction
}

While

While - tant que c'est vrai

while(condition){
    instructions
}

Les dates

library(lubridate)

  • Sys.Date() date du jour.
  • Sys.time() date et heure du jour.
  • as_datetime() convertir en date time.
  • as.Date('2017-10-12', format =) convertir en date.
Définition R Exemple
Année %Y 2001
Année %y 01
Mois %m 09
Jour %d 11
Heure %H 12
Minute %M 15
Seconde %S 06
  • time_length(interval(date1, date2), type) calculer un âge.
  • date + ajout calculer une date
  • years(nbre) année.
  • months(nbre) mois.
  • days(3) jour.
  • weekdays(nbre) jour de la semaine.
  • hours(heure) heure.
  • format(datetime, format = '') format d'affichage d'une date et de l'heure.

Texte

  • nchar() compter le nbre de caractères.
  • regexpr(reg, texte) position du premier motif trouvé.
  • grepl(expression_reguliere, chaine_a_verifier) renvoie vrai si l'expression est détectée.
  • gsub(pattern = schéma, remplacement, variable_à_changer) remplacer un schéma ou un caractère par une nouvelle chaîne de caractères.
  • grepl("exemple", texte) renvoie un booléen si la sous chaine est présente.
  • strsplit(variable, symbole) séparer une variable en fonction d'un symbole.
  • trim(texte) supprimer les espaces (package gdata).
  • toupper(texte) mettre les caractères en majuscule.
  • tolower(texte) mettre en petit caractères.

Expression régulière

Library stringr

  • str_detect(string, pattern, negate = FALSE) déterminer si le schéma est trouvé.
  • str_replace(texte, pattern, remplacement) remplacer la première occurence.
  • str_replace_all(texte, pattern, remplacement) remplacer toutes les occurences.
  • str_length(vecteur) nombre de lettres de chaque élément.
  • str_count(text, motif) compter le nombre d'occurences.
  • str_to_title(texte) mettre les premiers caractères en majuscule.
  • str_sub(i, (text, start = debut, end = fin) extraire une chaine de caractères.
  • str_view_all(vecteur, exp_re) rechercher une expression régulière.
  • str_extract(texte, exp_re) extraire un texte.
  • str_locate(texte, exp_re) récupérer la postion de début et de fin.
  • str_trim(string, side = c("both", "left", "right")) supprimer les espaces au début et à la fin.
  • str_split(vecteur, pattern) séparer une chaine en vecteur.
  • str_remove(vecteur, "^idPk_subject_") retirer l'expressio régulière d'une chaîne de caratères.
Symbole Définition
* une ou plusieurs fois
. joker
ver[tr]s t ou r.
[A-Z] toutes les lettres majuscules.
[0-9] tous les chiffres.
^ négation(exemple [^0-9] tous sauf les chiffres).
| ou
? le caractère précédent est facultatif.
[:alpha:] toutes les lettres.
() un symbole parmis la liste.
[]+ jusqu'a que ce soit faux.
(?i) ignorer la caste des lettes.

Note

Le caractère d'échappement est \\.

Connecter R à une bdd

Bibliothèque library(DBI)

  • dbListTables(connection) Liste des tables.

Connecteur

Connecteur Library Fonction
MySQL RMySQL MySQL()
### Créer une connexion. 
dbConnect(MySQL(), paramètre)
on.exit(dbDisconnect(con))

Paramètres :

  • dbname = "smur"
  • host = "10.60.11.4"
  • port = 3306
  • user = "statistique"

  • password = "statistique"

  • requete = sqlInterpolate(connection, "SELECT * FROM acte WHERE acte_code = ?id", id = acteId) créer et contrôler les variables utilisées dans la requête.

  • dbGetQuery(connection, requete) exécuter la requête.

R markdown

  • echo = FALSE masquer la sortie.
  • include = FALSE masquer le code.

Aléatoire

  • runif(nb, min, max) générer un ou plusieurs nombres aléatoires entre deux bornes.