Graphique

ggplot2

from plotnine as pln

(
    ggplot(economics)  # What data to use
    + aes(x="date", y="pop")  # What variable to use
    + geom_line()  # Geometric object to use for drawing
)

geom_point()
geom_histogram()
geom_line()

Fenêtre et interface

fig = plt.figure(figsize=(25,20)) changer la taille du graphique.
fig, axes = plt.subplots(nrows=1, ncols=3, figsize=(15,5)) sous diviser un graphique en plusieurs cases ou superposer deux graphiques (sans nrows/ncols).

Warning

Dans ce cas indiquer l'argument : ax=axes[i] lorsqu'il n'y a qu'une ligne.

Subdiviser la fenêtre graphiques

Cela permet d'afficher plusieurs graphiques sur la même sortie (image).

fig, axes = plt.subplots(nrows=2, ncols=1)
graph_sans = pd.crosstab(data['ligne'], data['colonne'], normalize='index').plot.bar(stacked=True, ax=axes[0])
graph_avec = pd.crosstab(data['ligne'], data['colonne'], normalize='index').plot.bar(stacked=True, ax=axes[1])

A la fin, on peut forcer l'affichage avec plt.show()

Pyplot graphiques

from matplotlib import pyplot as plt

Utiliser le style de seaborn : sns.set()

plot(<x>, y, type_point) par défaut renvoie un graphique en ligne ou un nuage de points.

Paramètre : faire une chaîne de caractères

L1 couleur 'r' rouge 'y' jaune 'b' bleu
L2 type de points :
- o gros points
- . petit points
- ^ triangle
- s carré
- + croix
L3 type de lignes :
- - ligne.
- -- pointillé.

Example

ro-- points rouges reliés par des traits en pointillé.

Types de graphiques

plt.scatter(x,y) nuage de points.
- marker='x' type de points (croix).
plt.bar(libelle, valeur, width=, align='edge') Diagramme en barre et histogramme. Les libellés doivent être au format texte.
plt.pie(valeur, labels=, radius=) camembert.
plt.axhline() et plt.axhline() ligne horizontale et verticale.

Paramètres globaux :

color="red" changer la couleur.

Paramètres des axes

plt.show() afficher le graphique.
plt.axis([xmin, xmax, ymin, ymax]) changer l'affichage des axes.
- "off" ne pas afficher d'axe.
plt.grid(True) afficher une grille.
plt.xticks(rotation=45) changer la rotation des étiquettes de données.
plt.yscale('log') passer en échelle logarithmique. Paramètre :
- base=2 changer la base

Masquer un axe :

ax = plt.gca()
ax.get_yaxis().set_visible(False)

Etiquettes, libellés et titre

plt.xlabel(texte) libellés de l'axe des abcisses.
plt.ylabel(texte) libellés de l'axe des ordonnées.
plt.title(titre) ajouter un titre.
plt.text(x, y, texte) placer du texte n'importe ou dans la fenêtre.
plt.legend(loc='upper right') position de la légende (légende à l'extérieur du graphique plt.legend(bbox_to_anchor=(1.02, 1), loc='upper left', borderaxespad=0)).
- title="titre" titre de la box.
plt.grid() afficher une grille.

Ajouter plusieurs graphiques à une seule image

plt.figure('train', (largeur, hauteur)) créer une image subdiviser.
subplot(nb_lignes, nb_col, i+1) ajouter un graphique à l'image. Les positions sont numérotées à partir de 1.

Autres

plt.boxplot(vecteur) boxplot.
plt.matshow(mat_cor) matrice de corrélation.
plt.fill_between(valeur_moyenne, valeur_dessus, valeur_dessous, color='b', alpha=0.2) ajouter un intervalle d'erreur.

Afficher une image

imshow(numpy) Paramètre :
- cmap='gray' en valeur de gris.

plt.imshow(img)
plt.axis('off') # retirer les axes.
plt.show()

Seaborn graphique

Library import seaborn as sns

Paramètres :

data=data jeu de données.
hue='prot_diff' mettre une couleur pour chaque groupe.
color= couleur

Graphiques :

heatmap(protfreq, annot=True) matrice de température. Paramètres :
- annot_kws={"fontsize":8} taille des annotations.
- fmt='.0f' changer le format des nombres (0 indique le nbre de décimals).
clustermap() heatmap avec un classification.
histplot(vecteur) afficher la distribution d'un vecteur quantitatif.
- multiple="stack"empiler les valeurs avec hue="var".
ecdfplot(data, x='var') le nombre d'effectifs cumulé.
complementary=True inverser le cumule.
barplot() diagramme en barre.
- orient=v/h horizontal, vertical.
boxplot(x=valeur, y=groupe) boxplot.
scatterplot(comm, x='CTR-PTROTAC', y='P3') nuage de points.
- s=1 taille des points.
lineplot(x=, y=) lignes.

Superposer deux graphiques

Superposer deux graphiques :

fig, ax1 = plt.subplots()
sns.histplot(x=donnee['RT [min]'], ax=ax1)
ax2 = ax1.twinx()
sns.lineplot(x=x, y=y, color = 'r', ax=ax2)

Faire plusieurs graphiques en fonction d'une condition

g = sns.FacetGrid(donnee, col="condition")
g.map(sns.histplot, "% ACN", binwidth=2).set(yscale='log')

Ajouter un élément au graphique

fig.axvline(1.25) ou fig.axhline(1.25) ajouter une ligne verticale ou horizontale. Paramètres :
- linestyle= type de lignes (: pointillé, -- tiré ).
Ajouter les étiquettes de valeurs sur le graphique

bars = sns.graph(...)
for container in graph1.containers:
    bars.bar_label(container)

Transformer des axes

graph.set_xscale() changer le type d'axes (type : log, symlog, ...).
graph.get_xticklabels() récupérer la valeur des axes.

Modifier la présentation graphique

graph.set_xlabel("Colors") changer le libellé de l'axe (set_ylabel pour y).
graph.set(xlabel='x-axis label', ylabel='y-axis label') titre des deux axes.
graph.set_title("Colors vs Values") ajouter un titre.
graph.set_xticklabels( fig.get_xticklabels(), rotation=45, horizontalalignment='right') changer la rotation des libellés.
plt.xticks(valeur, libellé) changer les libellés des axes.

Enregister un graphique

graphique.get_figure().savefig('fichier.png') enregistrer un graphique.

Si les libellés sont tronqués.

from matplotlib import rcParams
rcParams.update({'figure.autolayout': True})

Diagramme de Venn

from matplotlib_venn import venn2, venn3

venn2(subsets=(10,5,2), set_labels =('Group A', 'Group B')) diagramme de Venne avec deux groupes.
venn3(subsets=(10,8,22,6,9,4,2)) diagramme de Venne avec trois groupes.

Pandas graphiques

Les dataframe pandas intégrent directement des représentations graphiques.

data.plot(x=, y=)

Type de graphique :

area() aire.
density() fonction de densité.
line() lignes.
pie() camembert.
bar() diagramme en barre.
barh() diagramme en barre horizontal (.sort_values()) pour classer les données. Paramètres :
- stacked=True empilé.
scatter() nuage de points.
hist() histogramme.