Spectrométrie

• PyOpenMS fonction pour la spectrométrie de masse.
• DeepNovo v2 séquencage de novo de protéines.

• pour la protéomique :

• ms proteomics tools

• AlphaPept

AlphaPept

Note

Il est conseillé d'installer ces packages dans des environnements pandas.

io - importer et exporter les fichiers

io est basé sur la library alphapept.pyrawfilereader.

• load_thermo_raw(fichier.raw, )
• raw_conversion() convertir en hdf.

fasta - les peptides

• read_fasta_file(fichier.fasta) lire un fichier fasta. list( ) possibilité de le convertir en liste pour plus de lisibilité. Stocker dans un dictinnaire.
• get_frag_dict()
• generate_database()
• generate_spectra() génère le spectre associé.
• generate_fasta_list(chemin) exporter en fichier fasta.

• generate_peptides()

• add_to_pept_dict([dic1,dic2]) fusionner des dictionnaires.