Aller au contenu

imageJ et fidji

Objectifs du traitement d'images :

  • suivi de trajectoire.
  • identifier et classer les objets en fonction de leurs caractéristiques.
  • augmenter la visibilité des objets.

Utiles

  • Help > Update... > Manage update sites installer un pugins.

L'image

Le nombre de bits détermine le nombre de niveaux de couleur (exemple : \(8bits = 2^8 = 255\)). La calibration d'une image est l'opération qui consiste à associer à un pixel une taille.

Traitement des images en lot

La foncion Stack permet de traiter les images en lot Image > Stacks > Image to stacks. Il permet de :

  • appliquer le même traitement à un lot d'images.
  • sauvegarder dans un seul fichier de type Tiff.

La couleur

  • Propriété de l'image Image > Propeties
  • Niveau des gris : Analyse > Histogramm. Information
  • Mode : médian de gris.
  • Séparer les canaux de couleurs Image > Color > Spit image
  • Transformer une image en niveau de gris Image > Type > 8bit
  • Inverser les couleurs Edit > Inverse
  • Ajouter une échelle Analyze > Set scale
  • Le contraste :
  • Normaliser le contraste (étaler la couleur sur toute la plage du specte). Cela revien à augmenter le contraste Process > Enhance Contrat
  • Ajuster le contraste Image > Ajust > Brightness / Constrast

Les prétraitements de l'image : les filtres

Le bruit

Le numérique de l'image avec des filtres pour atténuer le bruit. Dans Process > Filter.

Note

Il est intéressant d'appliquer plusieurs fois un filtre.

Généralement, on utilise un seul filtre.

Linéaire :

  • Mean Filter (augmente le flou l'image).
  • Gaussian respect mieux les contours (++).

Non linéraire :

  • Median filter (++).
  • Morphological filter.

Binarisation de l'image

Binarisation par seuillage.

  • seuillage manuelle Image > Adjust > Threshold
  • seuillage automatique Image > Adjust > Auto threshold...
  • méthode de binarisation Process > Make binary

Analyse des objets sur l'image

Il faut de préférence binairanizer l'image avant d'appliquer des filtres sur les objets en blanc et fond en noir.

  • Analyse > Analyze Particles analyser les objets par taille et par forme.
  • Process > Binary > Watershed séparer des objets accolés.
  • Analyze > Set measurements ?????????

Morphologiques

Plugin morphology

Process > Morphology > Gray morphology Les filtres morphologiques servent notamment à : * extraire des caractéristiques. * supprimer le bruit.

Les filtres morphologiques sont des extracteurs de caractéristiques (voisinage - neighbordhood) : * connexity 8 = carré * connexity 4 = croix * horizontal = ligne * vertical = colonne

L'image :

  • Erosion ???
  • Dilation ??
  • Opening ??
  • Closure ???

Transformation de Fourrier

Transformation de Fourier : Process > FTT > FTT

Apprentissage machine

Télécharger et ajouter le plugin Plugins > Segmentation > Weka segmentation Lancer Weka Plugins > Segmentation > Weka segmentation